Алкоголь является ядом, оказывающим выраженное воздействие на зародышевые клетки обоих полов. У мужчин, систематически употребляющих спиртные напитки, наблюдается изменение структуры и жизнеспособности сперматозоидов. Изменяется также и уровень половых гормонов в крови. Доказано, что употребление спиртного увеличивает уровень фермента печени, разрушающего тестостерон (основной мужской гормон), от 2 до 5 раз, в результате чего его уровень в крови значительно снижается. Употребление алкоголя женщиной еще больше отражается на здоровье потомства. На этапе планирования беременности интоксикация алкоголем вызывает изменения гормонального фона женщины, из-за чего нарушается менструальный цикл и процесс созревания яйцеклетки. Установлено, что при прочих равных условиях женщинам, регулярно употребляющим алкоголь, для наступления беременности требуется больше времени, чем непьющим. Кроме того, этанол, содержащийся в алкогольных напитках, а также продукты его распада могут оказывать непосредственный повреждающий эффект на генетический материал яйцеклетки. В этом случае развивается генетически неполноценный эмбрион, что в большинстве случаев приводит к выкидышу на ранних сроках беременности. Однако для такого выраженного эффекта воздействие алкоголя должно быть достаточно выражено или продолжительно по времени. Поэтому часто встречающееся однократное употребление алкоголя в сроки, когда о беременности еще не было известно, как правило, не оказывает вредного влияния на развитие эмбриона и не требует прерывания беременности.   Внешний вид детей с АРП также довольно характерен. У них, как правило, маленькие глаза, короткая спинка носа, нос может иметь седловидную форму. Часто отмечается недоразвитие скуловой дуги, нижней челюсти, верхняя губа узкая и короткая, часто встречаются аномалии костного неба («волчья пасть»). Могут формироваться контрактуры суставов (деформация суставов с ограничением их подвижности), врожденный вывих бедра. Очень часто у таких детей выявляются врожденные пороки сердца, в основном в виде дефектов перегородок или незаращения овального окна. Нередко выявляются нарушения в мочеполовой системе: крипторхизм у мальчиков (неопущение яичек в мошонку), недоразвитие половых губ у девочек, аномалии строения почек.
При отсутствии ярко выраженных симптомов воздействия алкоголя говорят об алкогольных эффектах плода. Они, как правило, проявляются с течением времени. В первую очередь это отставание в развитии и умственная отсталость. Такие дети гиперактивны, они не могут сосредоточиться, им трудно сконцентрировать внимание. Из-за этого возможности их обучения снижены. Практически у всех детей, родители которых употребляли алкоголь, снижен коэффициент интеллектуального развития.
Следует отметить, что последствия алкогольного поражения плода необратимы и практически не поддаются лечению. В дальнейшем у детей выявляется неспособность к абстрактному мышлению, построению логических цепочек, формированию причинно-следственных связей. Вырастая, эти люди имеют проблемы с адаптацией в социуме, конфликтны, агрессивны, отличаются неадекватным поведением. Конечно, для развития всего комплекса симптомов АРП необходимо систематическое употребление алкоголя во время беременности. Но, к сожалению, не существует понятия абсолютно безопасной для развития плода дозы алкоголя - все зависит от срока беременности, индивидуальных особенностей обмена веществ в организме женщины и сопутствующих факторов, влияющих на течение беременности. Наверное, один бокал вина, выпитый будущей мамой, не должен оказать влияния на развитие ребенка. Но если этот бокал пришелся на один из чувствительных периодов развития, например, нервной системы, никто не может дать гарантии полной безопасности. Поэтому проще всего совсем отказаться от употребления алкогольных напитков во время беременности. Причем имеются в виду все продукты, содержащие алкоголь, в том числе слабоалкогольные коктейли, пиво и спиртосодержащие настойки: только в этом случае можно считать, что вредное воздействие алкоголя на плод полностью исключено.